Foi criado em maio de 2005, a partir de um núcleo de pesquisa na Universidade de São Paulo (USP) e outro na Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Hoje, o LEME possui núcleos em outras oito universidades no Sudeste, no Centro-Oeste, no Sul e no Nordeste do país: UFMG, UFG, UNIFESP, UFTM, UFFS, UFVJM, UFOP e UFPE.
O principal objetivo do LEME é reunir pesquisadores na área de História Medieval no Brasil e no exterior, com vistas ao desenvolvimento de pesquisas em rede. Além disso, ele pretende contribuir para o aperfeiçoamento técnico-intelectual de especialistas em História Medieval. Graças a iniciativas de cooperação com universidades e centros de pesquisa estrangeiros, além do apoio de agências de fomento, vários de nossos alunos seguiram seminários, estágios de pesquisa e de formação em paleografia, codicologia e latim medieval.
O LEME também participa, como uma das instituições fundadoras, da Rede Latino-Americana de Estudos Medievais, que congrega medievalistas do Brasil, da Argentina, do Chile, do México e da Costa Rica.